La ciudad de Puerto Madryn cuenta con 2 muelles: el muelle Almirante Storni, acondicionado como puerto mineralero que sirve para abastecer a Aluar, y el Luis Piedra Buena, antiguo muelle pesquero que fue reacondicionado para recibir a los cruceros de pasajeros. En temporada de verano, líneas de Cruceros como Norwegian, Costa y Royal Caribean hacen parada en Puerto Madryn navegando con destino a Ushuaia, Antártida o Chile. También cuenta con una terminal de omnibus que recibe transportes de largas distancias desde diversas ciudades y pueblos Argentinos. La ciudad posee un aeropuerto de Cabotaje llamado "El Tehuelche" que opera con vuelos diarios desde Buenos Aires,y 1 vuelo semanal desde Ushuaia,entre otros destinos. En este aeropuerto operan Andes Líneas Aéreas y LADE.
